Stavbu nového kostela popisuje kronikář Kosmas. Líčí, kterak se kníže Spytihněv rozhodl v roce 1060, na den sv. Václava, ke stavbě nového kostela. Monumentální stavba na místě rotundy sv. Václava byla dokončena až jeho nástupcem Vratislavem II. v samém závěru 11. století. Výsledkem byla plochostropá trojlodní bazilika s dvojicí chórů a transeptem na západní straně. Bazilika měla tři krypty, v západní části kryptu sv. Martina, ve východní partii pod vyvýšeným prostorem lodi kryptu sv. Gaudentia a pod chórem kryptu sv. Kosmy a Damiána. Ve 13. století byl k bazilice připojen ambit, který byl součástí katedrální kapituly.

Obvodové zdivo, 11. století Obvodové zdivo je tradičně tvořeno opukovými kvádříky, které jsou pečlivě hraněny špičatým topůrkovým nástrojem. Líc zkoumaného kvádříku o velikosti 30 × 9 cm byl posléze upraven šikmými záseky sekerou. Opět jsou sesekány většinou pouze přečnělky (tab. 7, obr. 3).

Sloup a hlavice z krypty sv. Kosmy a Damiána Dřík sloupu byl nejprve tvarován dvojšpicem, poté sekerou s rovným ostřím, šířka ostří byla kolem 4 cm. Kameník dřík postupně tvaroval kolmými údery v řadách pod sebou. Hlavice zmíněného sloupu je již uměleckým projevem kamenické zručnosti. Kubický tvar o rozměrech cca 25 × 25 cm je nejprve hrubě modelován dvojšpicem. Poté byl ryskou nakreslen oblý tvar hlavice a ta byla následně dlátem s rovným ostřím domodelována. Dláto bylo poměrně úzké, o šířce břitu cca 3 cm.

Zdivo je převážně tvořeno opukovými kvádry, které lze charakterizovat jako mírně až silně zvětralé horniny, které odpovídají na základě vizuálního posouzení tř. R4 až R5 (dle ČSN P 73 1005). Sloupoví je tvořeno pískovcem, který lze charakterizovat jako zdravou až mírně zvětranou horninu, která odpovídá na základě vizuálního posouzení tř. R3/R4 (dle ČSN P 73 1005).